Fakultas Ilmu Komputer di bentuk sesuai dengan Surat Keputusan Rektor Nomor: 561/SK/Umuslim/KL.2008 tentang Pembentukan Fakultas Ilmu Komputer (FIKOM) Universitas Almuslim Bireuen – Naggroe Aceh Darussalam pada tanggal 28 Juli 2008, yang awalnya Universitas Almuslim hanya memiliki izin penyelenggara Akademi Manajemen Informatika dan Komputer (AMIK) yang telah berdiri sejak tahun 1985, seiring waktu Amik Almuslim kemudian berubah nama menjadi Manajemen Informatika Pada tahun 2003 sesuai dengan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 02/D/O/2003 tentang Pendidikan di Universitas Al-Muslim Bireuen, Nanggroe Aceh Darussalam Dan Penambahan Izin Penyelenggaraan Program Studi Baru Yang Di Selenggarakan Oleh Yayasan Al-Muslim Peusangan di Bireuen Nanggroe Aceh Darussalam. Mengikuti perubahan tersebut akademi dan beberapa sekolah tinggi dalam lingkup Perguruan Tinggi Almuslim di satukan menjadi Universitas Almuslim. Pada tahun 2008 Departemen Pendidikan Nasional Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor: 2127/D/T/2008 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Teknik Informatika (S1) Pada Universitas Almuslim Bireuen Nanggroe Aceh Darussalam tepat tanggal 11 Juli 2008.
Program Studi Manajemen Informatika yang berada di bawah naungan Fakultas Ilmu Komputer Universitas Almuslim terjadi perubahan nama mulai tanggal 12 November 2018 sesuai Nomenklatur yang di keluarkan oleh kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi dengan Nomor: 4887/A4.1/HK/2018 perihal Penyampaian Salinan Keputusan Menteri Riset, teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 954/KPT/I/2018 maka Program Studi Manajemen Infromatika menjadi Program Studi Sistem Informasi (D3) dan Program Studi Teknik Informatika menjadi program Studi Sistem Informasi. Sehingga Rektor mengeluarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Almuslim Nomor: 2083/SK/UMUSLIM/PP.2020 tentang Pembentukan Fakultas Ilmu Komputer (FIKOM) Universitas Almuslim Bireuen Aceh membentuk 2 (dua) prodi dengan nama Program Studi Sistem Informatika (D3) dan Program Studi Informatika (S1).
Berdasarkan SK tersebut, Fakultas Ilmu Komputer Universitas Almuslim telah mendapat amanah dari Kementerian Pendidikan untuk menyelenggarakan pendidikan dibidang Sistem Informasi dan Informatika. Perkembangan Fakultas Ilmu Komputer dan Sistem Informasi mengikuti perkembangan dan aturan sesuai ketetapan dari Kemenristek dikti.